礼部：废太常礼院、贡院，其事务归礼部。
兵部：保留枢密院，只管辖厢军、民兵等地方武装和军械、仪仗，以及绘制地图等事。
刑部：将“纠察在京刑狱司”及“审刑院”的职权并入。工部原属闲司，现将“三司”中侵夺工部的职权归还。
翰林学士原是“差遣”，现定为正三品的正式官位。宋初，翰林学士定员六人，通常少于此数，偶有第七员，号称“员外学士”，以资深者一人为承旨作学士院长官。也有带翰林学士而任他职的，类同“贴职”。改革前的翰林学士，大多带知制诰衔，只有其寄禄官为中书舍人，则不带知制诰，改革后的翰林学士全带知制诰衔，一般只称翰林学士。还有直学士院、直翰林院，简称“直院”；权祗应翰林院事、权直学士院、权直翰林院、学士院权直、翰林权直，简称“权直”；以及权翰林学士，权学士院等。废舍人院入中书后省，并罢废代中书舍人草拟外制的知制诰、直舍人院。
元丰改制后废谏院，设左右谏议大夫、左右司谏、左右正言为谏官，左属门下省（后省），右属中书省（后省）。改崇文院为秘书省，废昭文馆、集贤殿大学士，流行了近4 个世纪的宰相所带职名亦被取消，监修国史只作为修史时宰相或执政的“差遣”。其他官员罢带职名，外任官才带直龙图阁等职名。其他如御史台、殿中省及九寺五监等，也都大体恢复相应职权。
3.北宋后期与南宋的朝廷政制
“选人”等寄禄官称的改革
北宋后期和南宋时期奉行元丰新制，但也有变化与补充性改革。由于“选人”的许多寄禄官称与作为“差遣”的官名相同，因而产生两者名称混淆的问题。“有带知安州云梦县而为河东干（勾）当公事者，有河中司录参军而监楚州盐场者，淆乱纷错，莫甚于此。谓宜造为新名，因而制禄”。
崇宁二年（1103）遂改为承直郎至将仕郎七等，称为“选人七阶”，后又有增改，连同京朝官共37 阶，完成了整个文官体系阶官（寄禄官）名称的改革。政和二年（1112），又改革武官、内侍官和医官等寄禄官称，并都改称为阶官。从而解决了所有寄禄官名与实际官职名称的混淆问题。
平章军国重事
元祐元年（1086），四朝元老文彦博任“平章军国重事”，不处理日常政务，地位在宰相之上。元祐三年，吕公著改任“同平章军国事”，也不再处理日常政事，均属荣誉衔。
此后，南宋韩侂胄于开禧元年（1205）任平章军国事，乔行简于嘉熙三年（1239）、贾似道于咸淳三年（1267）、王烚爚于德祐元年（1275），都曾任“平章军国重事”，权位也都在宰相之上，是实职而非荣誉衔。
公相
政和二年（1112）五月，蔡京以太师任宰相，又将“三师”太师、太傅、太保改称为“三公”，由荣誉衔改为实职，“为真相之任”，号称“公相”；王黼也曾以太傅总治三省事，权位皆在宰相之上。以后，又将三公改为荣誉衔，不治政事。
宰相、执政官称的变化
政和二年（1112）九月，宋徽宗认为以左、右仆射为左、右相，是“以仆臣之贱，充宰相之任”。遂改左仆射为太宰（首相）、右仆射为少宰（次相），仍分别兼任门下侍郎、中书侍郎。又改侍中为左辅，中书令为右弼，均虚设而不任，又罢尚书令。靖康元年（1126）十一月，宰相官衔又恢复元丰官制，宰相为左、右仆射。
建炎三年（1129）四月，宰相改称左仆射同中书门下平章事为左相，右仆射同中书门下平章事为右相，以示左、右相通治三省事。
乾道八年（1172）二月，又改左、右仆射并同平章事为左、右丞相，并废除侍中、中书令、尚书令的虚名。
建炎三年四月，又改门下侍郎、中书侍郎为参知政事，同时废除尚书左、右丞。南宋初年，还曾设“权同知三省枢密院事”，属执政官之列。
建炎元年（1127）五月，设御营使、副使由宰相、执政分兼，统师南宋军队，枢密院形同虚设。建炎四年六月，罢御营使、副使，职权归还枢密院，以知枢密院事为长官，由宰相兼任；有时另设知枢密院事主持院务。绍兴七年（1237）正月，重设枢密使为长官，由宰相兼任，以知枢密院事、同知枢密院事、枢密副使、签书枢密院事、同签书枢密院事等为副长官，南宋与金、蒙古（元）战争时期，宰相例兼枢密院长官，参知政事也与枢密院副长官互兼。
省并机构
建炎三年四月，将中书、门下两省合并为中书门下省，与尚书省实际上只两省，但行文及习惯仍称为“三省”。
九寺五监
经过省并后，只保留太常、大理、太府、宗正、司农五寺及国子、将作、军器三监。鸿胪寺废入礼部，卫尉寺、都水监、少府监废入工部，太仆寺废入兵部，光禄寺废入太常寺。除大理寺、国子监正副长官并置外，太常、太府、宗正、太仆四寺基本上只设副长官少卿，如设长官“卿”，常不设副长官“少卿”。
将作、军器两监，虽正副长官及属官悉置，但实际事务都由工部及首都（行在所）临安府承担，两监“事务稀简，特为储才之所焉”。
六部除户部保留四司外，采取司级长官兼领他司事务的方式，进行省并。实际上吏部只存吏部、司封（兼司勋）、考功三司，刑部只存刑部和都官（兼比部、司门）二司，礼、兵、工三部都是四司实际上已合为一司，各部长官除吏、户部设尚书、侍郎外，其他四部通常都只设侍郎一人，如设尚书则不设侍郎，各部及寺、监的属官及吏也减少很多。